Los entusiastas de los deportes acuáticos pueden elegir entre todas las actividades imaginables, desde el esnórquel y el buceo, hasta el kayak, barcos de vela, esquí acuático y surfing. La abundante vida marina en las cálidas aguas de Bahía de Banderas ofrece algunos de los mejores lugares para realizar deportes y pesca en aguas profundas. Quienes van en busca de aventuras emocionantes, pueden pasear en bicicleta de montaña, optar por un safari en jeep, o montar a caballo en terrenos difíciles. También hay excursiones de aventura moderada en la selva que rodea Puerto Vallarta, desde tirolesas, hasta paseos ecológicos. También están disponibles los deportes más tradicionales, como el tenis y golf de clase mundial.

Una gran variedad de sitios de buceo alrededor de Bahía Banderas ofrecen opciones de clase mundial, tanto para principiantes, como para buceadores experimentados. Los complejos ecosistemas del Parque Nacional Marino Los Arcos y las Islas Marietas contienen grandes reservas de vida silvestre. Los buzos pueden explorar cuevas submarinas, cañones y arrecifes repletos de peces tropicales, donde encontraremos tortugas, pulpos, caballitos de mar, delfines, manta rayas, jureles, medregales y pez vela. Las aguas de la Bahía de Banderas son también el hogar de ballenas, delfines y guajos, que se pueden observar durante casi todo el año. Muchos operadores especializados ofrecen excursiones de buceo y ofrecen varios niveles de certificación PADI.

Hay numerosas opciones para practicar el esnórquel, ya sea cerca de la playa en Mismaloya, Yelapa o Majahuitas, o durante paseos en lancha hacia islas como las Marietas o Las Caletas. La rica vida marina incluye tortugas, rayas águila manchadas, peces aguja y muchas otras variedades de peces tropicales. Muchas de las excursiones de esnórquel también se pueden combinar con el kayak en el mar o simplemente relajarse en una playa desierta.