L’Université de Guanajuato est le centre culturel de la ville. Parmi les plus anciennes d’Amérique latine, elle ouvrit ses portes au XVIIIe siècle, alors collège de Jésuites pour enfants. Ce fut le premier centre d’éducation de l’État, fondé au départ comme l’Hospice de la Sainte Trinité (Hospicio de la Santísima Trinidad). Il changea de nom plusieurs fois avant de devenir propriété de l’État en 1828. Il fut alors nommé Colegio Nacional de Guanajuato. En 1945, il obtint le titre d’université et fut finalement appelée Université de Guanajuato. De nos jours celle-ci a des écoles dans tout l’État et elle propose une offre académique étendue, comprenant des licences, des masters et des doctorats. En 1994, elle devint autonome.
L’Université a des bâtiments partout dans la ville. Son campus principal est sur Lascurain de Retana, à une rue de la Basilique Notre-Dame de Guanajuato, à côté d’un ancien palais qui abrite le Musée d’Art de Guanajuato. Dans ce bâtiment se trouvent les bureaux du Doyen et de l’administration et plusieurs départements ainsi qu’une église et un musée d’histoire naturelle. Le bâtiment principal de l’Université est facilement reconnaissable à ses célèbres escaliers aux 113 marches de pierre. Elle est construite en pierre cantera verte, de style néoclassique du milieu des années 1900. Cette architecture a fait l’objet de nombreuses controverses car elle détonne dans le paysage urbain caractéristique de Guanajuato.
On attribue à l’Université la création du Festival Cervantino, une célébration des arts de la scène qui est devenue l’un des festivals internationaux d’art et culture les plus importants d’Amérique Latine. Tous les ans, de nombreuses représentations et un riche programme culturel se déroulent sur le campus de l’université.