Por su ubicación, forma y sistema constructivo, se cree que Guiengolá era un sitio fortificado donde se resguardaban y defendían los zapotecos de los ataques de grupos hostiles. También es probable que fuera el centro administrativo del reinado zapoteco en el Istmo al momento de la Conquista española.
Guiengolá significa en zapoteco del Istmo: "Piedra Grande", que proviene de guie, piedra y gola, grande o viejo. También se le conoce como Danyroó o Cerro Grande o Antiguo.
La zona fue construida y habitada por zapotecos en la época posclásica (1350-1521 después de Cristo), aunque hay quienes afirman que fue ocupada mucho antes de esas fechas.
Reinaba Cocijoeza en Guiengolá cuando llegaron los mexicas, procedentes de Tenochtitlán, para sujetar a los zapotecos del Istmo y cobrarles tributo, además de tener el paso libre al Soconusco y Guatemala. Cocijoeza y sus aliados, los señores mixtecos, resistieron los ataques mexicas al mando de Ahuizotl. Después de varios meses de lucha estos últimos se inclinaron por la diplomacia y casaron con Cocijoeza a una hija de Ahuizotl, llamada Coyolicatzin (Carne de algodón o Carne blanca, en náhuatl). De ese matrimonio nació Cocijopí, quien fue el último rey zapoteco del Istmo, siendo bautizado con el nombre de Juan Cortés y posteriormente procesado por la Inquisición por idolatría.
Las estructuras y edificios se encuentran tal y como fueron abandonados a raíz de la Conquista española.
El núcleo central está constituido por dos plazas, una más hundida que la otra, con dos pirámides una al occidente y otra al oriente, un juego de pelota y una residencia tipo palacio.
La pirámide Oriental está compuesta por tres cuerpos y en el oeste tienen una escalinata de 8 metros, que conduce a la parte alta, donde existió, tal vez, otra estructura. Enfrente está la plaza hundida y en medio un adoratorio redondo. Las pirámides fungían, probablemente como templos donde los sacerdotes celebraban ritos y ceremonias a sus deidades; los adoratorios eran los lugares donde se colocaban las ofrendas y las plazas era donde se conglomeraba el pueblo.
El Juego de Pelota se localiza al este de la Plaza Mayor, a un costado de éste y de las pirámides se encuentran otras estructuras, sobresaliendo dos con forma circular, de las que algunos investigadores han sugerido que fueron observatorios astronómicos. Los cuartos circulares tienen entradas por donde pudieron ver algunas estrellas importantes con el objeto de medir el tiempo. En el límite norte del pequeño valle, en donde se encuentra el área extremo noroeste del parque hundido, se localiza un conjunto de tumbas del tipo cruciforme, el cual puede considerase como un cementerio, debido a la gran cantidad que contiene de las mismas. En casi todo el cerro se encuentran cuevas, en algunos casos, los accesos se encuentran bloqueados por la mano del hombre.
Por su cercanía al área ceremonial, una de las cuevas localizada en la base de las grandes peñas existe el área ceremonial con estalactitas y estalagmitas. Es probable que hayan contenido pinturas rupestres, pero sus vestigios muestran una casi total destrucción, de estas cuevas se cuentan variadas y emocionantes leyendas. Se encuentran unos promontorios que pueden clasificarse como observatorios, ya que desde ahí es posible observar cualquier movimiento en la cuenca del rio y se tiene una visión casi completa del área ceremonial. En los días despejados se puede observar desde ahí el océano.
