La arquitectura de este museo, a cargo de Mario Schjetnan, está inspirada en el montículo ceremonial de Paquimé, por lo que el recinto se incorpora de manera armónica con el paisaje desértico. Se inauguró el 26 de febrero de 1996.
Cuenta con tres salas de exposición permanente:
- Sala I La mega fauna y tiempos antiguos y con una superficie de 650 m²
Hace referencia a los primeros pobladores de la región y sus procesos de caza – recolección. Fósiles de grandes mamíferos y una colección de artefactos que ilustran la vida en esos primeros años. Hay un patio donde se ha montado una representación de lo que fueron los primeros destiladores de aguardiente de sotol. Hay una maqueta que representa cómo era la zona arqueológica de Paquimé en su etapa de florecimiento, también hay cerámica de la cultura Casas Grandes. - Sala II Artes y oficios y cuenta con una superficie de 247 m²
Hace referencia a las actividades cotidianas de la Cultura Paquimé, tales como la elaboración de la cerámica, el trabajo de la joyería con la concha y el caracol, el trabajo de la piedra y muestran murales pictóricos de la relación que tenían con otros pueblos e incluso del pacífico. - Sala III Sus ritos y sus dioses de 87 m²
En esta sala nos habla de sus prácticas ceremoniales en donde elaboraban fetiches, amuletos que eran utilizados por chamanes y curanderos. Hacen referencia a la música y representada por instrumentos musicales tales como tambores, raspadores y aerófonos. También hace referencia de manera pictórica la caída de Paquimé en el 1450 d.C hasta la fundación de San Antonio de Padua, lo que hoy conocemos como Casas Grandes; para finalmente mostrar elementos y objetos que hacen referencia a la época de la revolución en el norte de Chihuahua y a la batalla de Casas Grandes en el año de 1911
Su acervo se compone de fósiles, piezas cerámicas, amuletos e instrumentos musicales, entre otros objetos.
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