Existen evidencias sobre la ocupación de Yagul a partir de la época de Monte Albán l (500 años a. C.). Floreció como centro urbano tras la decadencia de Monte Albán (800 años d. C.). Más tarde tras un corto abandono, Yagul volvió a resurgir para constituirse como una ciudad-estado, en el valle de Oaxaca, la cual prevaleció hasta poco antes de la llegada de los conquistadores españoles.
Este importante centro prehispánico, cuyo nombre significa literalmente "Palo o Árbol Viejo" cuenta entre sus monumentos con el más grande juego de pelota de la región oaxaqueña y el segundo en Mesoamérica.
Este edificio arqueológico tiene semejanza en algunos edificios con Monte Albán. Su palacio de los seis patios es casi idéntico al grupo de las columnas de Mitla. Existe un magnífico juego de pelota posiblemente el más grande del Valle de Oaxaca, sus tumbas son cruciformes, la más conocida es la triple Tumba del Patio de la Rana o Patio Hundido.
Desde la fortaleza de Yagul, en uno de los muros defensivos, se disfruta una inigualable vista panorámica del Valle de Tlacolula. Poblada por zapotecos.
Se compone de tres partes; en el centro, una enorme plataforma artificial reúne en terrazas escalonadas los templos y los palacios principales; en la parte más alta está la acrópolis coronada por la fortaleza, con una atalaya granítica y natural desde donde se observan con pasmosa claridad todos los pueblos del Valle de Tlacolula; al este, al sur y al poniente, ocupando las laderas del cerro, estaban las casas de la gente del pueblo. Al otro lado del río, en la planicie suroeste, hay restos de un pequeño palacio con grecas y de otras residencias más modestas, todas sin explorar aún.
Al salir por el lado norte del patio, llegamos al juego de pelota más grande del Valle de Oaxaca y que, al igual que los demás del estado, carece de anillos; en el sur de la cabecera oriental había empotrada una piedra en forma de cabeza de serpiente, que ahora puede admirarse en el Museo del Centro Cultural Santo Domingo en la ciudad de Oaxaca.
Entre este edificio y el del sur, hay una calle larga y angosta, donde se observan decoraciones con grecas de mosaico de piedra, idénticas a las de Mitla; el piso es la roca natural del cerro. Limita al sur con un enorme cuarto largo y angosto, conocido como Sala de Consejo, que estaba decorado antiguamente con mosaicos de piedra, hoy desaparecido. La entrada al cuarto es por unos escalones que dan a otro gran patio, que tiene por su lado oeste otro edificio ceremonial y un conjunto al este, que lo separa del juego de pelota.
Para llegar a la zona arqueológica desde la ciudad de Oaxaca, deberá pasar la población de Tlacolula de Matamoros hasta entroncar con la desviación que lo guiará a la zona Arqueológica de Yagul.
