La Capilla de Nenthé fue, durante varios cientos de años, el verdadero centro espiritual de Aculco. Desde 1702 hasta 1943, hubo aquí una iglesia mucho más antigua. Incluso se parecía a la iglesia parroquial situada a pocas manzanas. Se fue deteriorando y hoy sólo queda la cruz atrial. El edificio que vemos hoy se erigió en el mismo terreno entre 1943 y 1948.
Conocida como el Santuario del Señor de Nenthé, es probable que la iglesia original sufriera graves daños durante la Guerra Cristera, a finales de la década de 1920. Pero ésa es sólo la leyenda más reciente del lugar. La larga historia agrícola de Aculco y su clima temperamental hacían que los agricultores locales estuvieran a menudo a merced del agua disponible. Durante una de estas sequías, la capilla original se incendió en las condiciones polvorientas y secas. Alguna imagen de Cristo, desgraciadamente perdida para la historia, se encontró intacta a pesar de las llamas. Había surgido un manantial de agua, y el pueblo nunca lo olvidó. Esto habría ocurrido probablemente a principios del siglo XVIII.
Más tarde, durante el largo movimiento independentista, en la década de 1810, se cree que el Señor volvió a intervenir en favor de al menos uno de los soldados. Muchos pasaron por la ciudad durante aquellos años. Se dice que el soldado huía de la derrota insurgente ante Félix Calleja durante la Batalla de Aculco de 1810.
Nenthé es una palabra otomí que significa "junto al agua". La capilla original se construyó a orillas de un arroyo, en esta parte más baja del pueblo. Se cree que la humedad relativa fue la causa de algunos de los daños sufridos por la iglesia antigua.
La nueva iglesia es mucho más moderna e incluso muestra un uso temprano de los arcos parabólicos que llegarían a ser representativos de la arquitectura modernista de las iglesias de los años cincuenta. Esto no es mucho consuelo para quienes buscan asomarse a la profunda y misteriosa historia del lugar. Pero saber un poco sobre el Señor de Nenthé permitirá apreciar la conexión histórica de la capilla con la región y sus gentes.